As primeiras referências à existência de uma ermida no lugar de Vilarinho de Cima datam de inícios do século XVII, mais concretamente de 1623, data de publicação do Catálogo e História dos Bispos do Porto, redigido por D. Rodrigo da Cunha, o que naturalmente recua a sua existência para cronologias anteriores.
Após a implantação da República e com a nacionalização do património religioso, a ermida de São Sebastião acentuou o seu estado de abandono e degradação. Em julho de 1919, o abade de Gandra solicitou ao bispo do Porto a reconstrução da capela, invocando que o povo de Gandra desejava reconstruí-la e ampliá-la, a que o prelado acedeu prontamente. A reconstrução demorou cerca de nove anos e teve o apoio de toda a comunidade. Em 1919, o abade de Gandra, José Joaquim da Silva Machado, solicitou ao bispo do Porto a reconstrução da capela de São Sebastião, trabalhos que durariam nove anos. A capela foi benzida em outubro de 1928.
A Comissão Fabriqueira de São Miguel de Gandra juntamente com o pároco Cândido da Silva, procederam a importantes obras de expansão da Capela de São Sebastião de Vilarinho, nos anos 90, a fim de criar um novo salão paroquial. Em finais do século XX destruiu-se parte do presbitério e da sacristia para se construir um salão paroquial e, entre 1999 e 2000 requalificou-se o adro e a parte exterior da capela
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